雨宮 崇之

氏名	雨宮 崇之
ふりがな	あめみや たかゆき(Takayuki Amemiya)
職名	准教授　(Associate Professor)
学位	博士(理学)
専門分野	生命情報学 　　　　　 計算生物学 　　　　　 バイオインフォマティクス
略歴	東京理科大学理工学部物理学科　卒業 横浜市立大学大学院総合理学研究科生体超分子システム科学専攻博士前期過程　修了 　　　　　 横浜市立大学大学院国際総合理学研究科生体超分子科学専攻博士後期課程　満期退学（博士（理学）取得） 横浜市立大学大学院生命ナノシステム科学研究科　勤務（WDB　派遣社員） 名古屋大学大学院情報科学研究科 研究員 名古屋大学大学院情報科学研究科 特任助教 産業技術総合研究所創薬分子プロファイリング研究センター 産総研特別研究員 　　　　　 産業技術総合研究所生命工学領域細胞分子工学研究部門　勤務（バイオ産業情報化コンソーシアム　特別研究職員）
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SDGsの取組み

主な研究課題

マルチオミックスデータ解析による創薬研究

生命の体内に存在する分子をまとめた情報をオミックスといい、複数のオミックスに跨る解析をマルチオミックス解析といいます。一つのオミックス情報のみでは得られない情報や新しい医学的、生物学的知見を得ることができ、近年の大量データ集積によりマルチオミックス解析が実現可能になりました。多数の病状の実験結果から複数のオミックスデータを収集し、データベースを構築、統合的なマルチオミックス解析を行い、新規治療法や創薬につなげる研究を行っています。

生体分子の立体構造の網羅的なデータベース解析

生命の遺伝情報の産物であるタンパク質は合成プロセスや発現される機能より特異な立体構造をしています。世界の公共のデータベースにある大量のタンパク質の立体構造に関する情報を利用し、統計学的なモデルを適用して、タンパク質の立体構造と合成プロセスや機能との相関関係を明らかにすることで創薬研究や生命の理解に役立つことを目指します。

主な著書・論文

• T. Amemiya, K. Horimoto & K. Fukui. "Application of multiple omics and network projection analyses to drug repositioning for pathogenic mosquito-borne viruses.", Sci. Rep., 11, 10136, 2021.
• S. Yamasaki, T. Amemiya, Y. Yabuki, K. Horimoto & K. Fukui. "ToGo-WF: prediction of RNA tertiary structures and RNA-RNA/protein interactions using the KNIME workflow.", J. Comput. Aided Mol. Des., 33, 497-507., 2019.
• T. Amemiya, Gromiha M M., K. Horimoto & K. Fukui. "Drug repositioning for dengue haemorrhagic fever by integrating multiple omics analyses.", Sci. Rep., 9, 523, 2019.
• R. Koike, T. Amemiya, T. Horii & M. Ota. "Structural changes of homodimers in the PDB.", J. Struct. Biol., 202, 42-50., 2017.
• Shaji D, T. Amemiya, R. Koike & M. Ota. "Interface property responsible for effective interactions of protean segments: Intrinsically disordered regions that undergo disorder-to-order transitions upon binding.", Biochem. Biophys. Res. Commun., 478, 123-127,, 2016.
• S. Fukuchi, T. Amemiya, S. Sakamoto, Y. Nobe, K. Hosoda, Y. Kado, S. D. Murakami, R. Koike, H. Hiroaki & M. Ota., "IDEAL in 2014 illustrates interaction networks composed of intrinsically disordered proteins and their binding partners.", Nucleic Acids Res., 42, D320-D325., 2014.
• Y. Kanematsu, R. Koike, T. Amemiya & M. Ota. "Substrate-shielding and hydrolytic reaction in hydrolases", Proteins, 81, 926-932., 2013.
• M. Ota, R. Koike, T. Amemiya, T. Tenno, P. Romero, H. Hiroaki, K. Dunker & S. Fukuchi, "An assignment of intrinsically disordered regions of proteins based on NMR structures", J. Struct. Biol., 181, 29-36., 2013.
• 雨宮崇之、「リガンド結合に伴うタンパク質立体構造変化の分類と注釈付」、『生物物理』、日本生物物理学会、52, 194-195, 2012.
• T. Amemiya, R. Koike, A. Kidera & M. Ota., "PSCDB: a database for protein structural change upon ligand binding.", Nucleic Acids Res., 40, D554-558., 2012.
• S. Fukuchi, S. Sakamoto, Y. Nobe, S. D. Murakami, T. Amemiya, K. Hosoda, R. Koike, H. Hiroaki & M. Ota., "IDEAL: Intrinsically Disordered proteins with Extensive Annotations and Literature.", Nucleic Acids Res., 40, D507-D511., 2012.
• T. Amemiya, R. Koike, S. Fuchigami, M. Ikeguchi & A. Kidera., "Classification and annotation of the relationship between protein structural change and ligand binding.", J. Mol. Biol., 408, 568-584., 2011.
• C. Motono, J. Nakata, R. Koike, K. Shimizu, M. Shirota, T. Amemiya, K. Tomii, N. Nagano, N. Sakaya, K. Misoo, M. Sato, A. Kidera, H. Hiroaki, T. Shirai, K. Kinoshita, T. Noguchi & M. Ota., "SAHG, a comprehensive database of predicted structures of all human proteins.", Nucleic Acids Res., 39, D487-D493., 2010.
• R. Koike, T. Amemiya, M. Ota & A. Kidera., "Protein structural change upon ligand binding correlates with enzymatic reaction mechanism.", J. Mol. Biol., 379, 397-401., 2008.

主な国際・国内活動

• 日本生物物理学会
• 日本分子生物学会